（1）主鏈（backbone）：由脫氧核糖和磷酸基通過酯鍵交替連接而成。主鏈有二條,它們似"麻花狀繞一共同軸心以右手方向盤旋, 相互平行而走向相反形成雙螺旋構型。主鏈處于螺旋的外則,這正好解釋了由糖和磷酸構成的主鏈的親水性。 所謂雙螺旋就是針對二條主鏈的形狀而言的。
（2）堿基對（base pair）：堿基位于螺旋的內則,它們以垂直于螺旋軸的取向通過糖苷鍵與主鏈糖基相連。同一平面的堿基在二條主鏈間形成堿基對。配對堿基總是A與T和G與C。堿基對以氫鍵維系，A與T 間形成兩個氫鍵。 DNA結構中的堿基對與Chatgaff的發(fā)現正好相符。從立體化學的角度看,只有嘌呤與嘧啶間配對才能滿足螺旋對于堿基對空間的要求, 而這二種堿基對的幾何大小又十分相近,具備了形成氫鍵的適宜鍵長和鍵角條件。 每對堿基處于各自自身的平面上，但螺旋周期內的各堿基對平面的取向均不同。堿基對具有二次旋轉對稱性的特征，即堿基旋轉180°并不影響雙螺旋的對稱性。 也就是說雙螺旋結構在滿足二條鏈堿基互補的前提下，DNA的一級結構產并不受限制。這一特征能很好的闡明DNA作為遺傳信息載體在生物界的普遍意義。
（3）大溝和小溝：大溝和小溝分別指雙螺旋表面凹下去的較大溝槽和較小溝槽。小溝位于雙螺旋的互補鏈之間,而大溝位于相毗鄰的雙股之間。這是由于連接于兩條主鏈糖基上的配對堿基并非直接相對, 從而使得在主鏈間沿螺旋形成空隙不等的大溝和小溝。 在大溝和小溝內的堿基對中的N 和O 原子朝向分子表面。
（4）結構參數：螺旋直徑2nm；螺旋周期包含10對堿基；螺距3.4nm；相鄰堿基對平面的間距0.34nm。
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